Pendidikan Pondok Pesantren Darussalam menekankan pada pembentukan pribadi mukmin muslim yang berbudi tinggi, berbadan sehat, berpengetahuan luas dan berpikiran bebas.Kriteria atau sifat-sifat utama ini merupakan motto pendidikan yang diterapkan di Pondok Modern Darussalam Gontor yang kemudian diadopsi dan diadaptasikan ke Pondok Pesantren Darussalam Ciomas Bogor.

  1. Berbudi Tinggi
    Berbudi tinggi merupakan landasan paling utama yang ditanamkan oleh Pesantren Darussalam kepada seluruh santrinya dalam semua tingkatan; dari yanmg paling rendah sampai yang paling tinggi. Realisasi penanaman motto ini dilakukan melalui seluruh unsur pendidikan yang ada.
  2. Berbadan Sehat
    Tubuh yang sehat adalah sisi lain yang dianggap penting dalam pendidikan di Pesantren Darussalam. Dengan tubuh yang sehat para santri akan dapat melaksanakan tugas hidup dan beribadah dengan sebaik-baiknya. Pemeliharaan kesehatan dilakukan melalui berbagi kegiatan olah raga, dan bahkan ada olah raga rutin yang wajib diiukuti oleh seluruh santri  sesuai dengan jadwal yang telah ditetapkan.
  3. Berpengetahuan Luas
    Para santri di pesantren ini dididik melalui proses yang telah dirancang secara sistematik untuk dapat memperluas wawasan dan pengetahuan mereka. Santri tidak hanya diajari pengetahuian, lebih dari itu mereka diajari cara belajar yang dapat digunakan untuk membuka gudang pengetahuan. Kyai sering berpesan bahwa pengetahuan itu luas, tidak terbatas, tetapi tidak boleh terlepas dari berbudi tingi,sehinga seseorang itu tahu untuk apa ia belajar serta tahu prinsip untuk apa ia menambah ilmu.
  4. Berpikiran Bebas
    Berpikiran bebas tidaklah berarti bebas sebebas-bebasnya (liberal). Kebebasan di sini tidak boleh menghilangkan prinsip, teristimewqa prinsup sebagai muslim mukmi. Justru kebebasan di sini merupakan lambang kematangan dan kedewasaan dari hasil pendidikan yang telah diterangi petunjuk ilahi (hidayatullah). Motto ini ditanamkan sesudah santri memiliki budi tinggi atau budi luhur dan sesudah ia berpengetahuan luas.